Jednocześnie Miasto było cały czas bombardowane i ostrzeliwane z ciężkiej artylerii oraz katiusz. W tym czasie Gdańsk był już wyludniony z mieszkańców Wolnego Miasta, a resztki niedobitków, którzy nie zdołali uciec zatopionymi później statkami z tysiącami uchodźców (Wilhelm Gustloff, Goyia, Steuben) ukrywali się w schronach. Z niektórych z nich, jak na przykład z tego pod Placem Dominikańskim, już nigdy nikt nie wyszedł… Nad Gdańskiem zawisła wszechobecna śmierć. Niemcy – żołnierze którzy próbowali dezerterować lub Gdańszczanie, którzy niechętnie przystępowali do beznadziejnej obrony byli wieszani na drzewach i słupach telegraficznych przez hitlerowców.
Po ustaniu oporu niemieckiego "wyzwoliciele" zaczęli miasto grabić, plądrować i palić te domy, które ocalały.
Krasnoarmiejcy dopuszczali się niewyobrażalnych okrucieństw wrzucając granaty do niezniszczonych, zamieszkanych domostw, okradali napotkanych i gwałcili kobiety na niesamowitą skalę. Jeszcze w końcu kwietnia nad miastem unosiły się łuny pożarów. Dotychczasowi mieszkańcy Gdańska zostali przez nowe władze wypędzeni do Niemiec a Ci, którzy chcieli zostać zmuszani byli do podpisania deklaracji wierności nowej władzy.
Dopiero w ostatnich latach, we współczesnej już literaturze poruszającej zagadnienie zniszczeń Śródmieścia, w tym Starego Miasta w Gdańsku, wskazuje się, że tylko 40 do 50 proc. było wynikiem wcześniejszych nalotów lotniczych, ostrzału sowieckiej artylerii i z niemieckich okrętów wojennych, a także bezpośrednich walk wyzwoleńczych. Coraz częściej za przyczynę ostatecznego, ponad 90-procentowego stanu zniszczeń uznaje się późniejsze celowe, świadome i niemal planowe burzenie i palenie miasta przez żołnierzy sowieckich. Resztki tego, co zostało po przejściu Armii Radzieckiej i dobytek pozostawiony przez przegnanych mieszkańców zostały rozkradzione przez szabrowników.
Günter Grass opisał w "Blaszanym bębenku" śmierć miasta w następujących słowach: "Główne Miasto, Stare Miasto, Korzenne Miasto, Stare Przedmieście, Młode Miasto, Nowe Miasto i Dolne Miasto, budowane łącznie ponad siedemset lat, spłonęły w trzy dni. Nie był to pierwszy pożar Gdańska. Pomorzanie, Brandenburczycy, Krzyżacy, Polacy, Szwedzi i znów Szwedzi, Francuzi, Prusacy i Rosjanie, także Sasi już przedtem, tworząc historię, co parę dziesiątków lat uznawali, że trzeba to miasto spalić - a teraz Rosjanie, Polacy, Niemcy i Anglicy wspólnie wypalali po raz setny cegły gotyckich budowli, nie uzyskując w ten sposób sucharów. Płonęła Straganiarska, Długa, Szeroka, Tkacka i Wełniarska, płonęła Ogarna, Tobiasza, Podwale Staromiejskie, Podwale Przedmiejskie, płonęły Wały i Długie Pobrzeże. Żuraw był z drzewa i płonął szczególnie pięknie. Na ulicy Spodniarzy ogień kazał sobie wziąć miarę na wiele par uderzająco jaskrawych spodni. Kościół Najświętszej Marii Panny płonął od środka i przez ostrołukowe okna ukazywał uroczyste oświetlenie. Pozostałe, nie ewakuowane jeszcze dzwony Świętej Katarzyny, Świętego Jana, Świętej Brygidy, Barbary, Elżbiety, Piotra i Pawła, Świętej Trójcy i Bożego Ciała stapiały się w dzwonnicach i skapywały bez szmeru. W Wielkim Młynie mielono czerwoną pszenicę. Na Rzeźnickiej pachniało przypaloną niedzielną pieczenią. W Teatrze Miejskim dawano prapremierę "Snów podpalacza" dwuznacznej jednoaktówki. Na ratuszu Głównego Miasta postanowiono podwyższyć po pożarze, z ważnością wstecz, pensje strażaków. Ulica Świętego Ducha płonęła w imię Świętego Ducha, Radośnie płonął klasztor franciszkanów w imię Świętego Franciszka, który przecież kochał i opiewał ogień. Ulica Mariacka płonęła równocześnie w imię Ojca i Syna. Że spłonął Targ Drzewny, Targ Węglowy, Targ Sienny, to samo przez się zrozumiałe. Na Chlebnickiej chlebki już nie wyszły z pieca. Na Stągiewnej kipiało w stągwiach. Tylko budynek Zachodniopruskiego Towarzystwa Ubezpieczeń od Ognia z czysto symbolicznych względów nie chciał spłonąć."